所有者が亡くなっていても、
亡くなった所有者の印鑑証明書(発行日から3ヶ月以内)と実印があれば、解体抹消(廃車)は通常通りの手続きでできます。
亡くなった所有者の印鑑証明書が取れない場合は、

遺族の方(法定相続人)でしたら 誰でも廃車(お車を解体抹消)手続きをする事ができますが、
通常とは違って以下の書類が必要となります。

・戸籍謄本,または除籍謄本 (亡くなった所有者の相続者である事を証明する書類)
・謄本に記載されている遺族の方(法定相続人)の
 印鑑証明書(発効日から3ヶ月以内)、実印(譲渡証・委任状に押印する為)、免許証のコピー
・車検証原本
・ナンバープレート
・解体証明書